genomebiology

本文目录一览：

• 1、如何高效地从BAM文件中提取fastq
• 2、生物信息学领域有哪些牛刊?
• 3、吴仲义的人物简介
• 4、生信类文章可以投哪些期刊?
• 5、比对算法总结(二)——基于BWT索引结构的比对算法-Bowite1

如何高效地从BAM文件中提取fastq

可以通过如下命令检查是否安装成功 假如你原来的BAM文件是双端测序，想提取成两个文件，那么可以用如下命令。 注 ：这里的your.bam 指的是你实际BAM文件 此外，bazam还支持使用 -L 指定区间来提取某个区间的数据。

通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。

-f overwrite the output BAM if exist 强制覆盖同名输出文件； -h FILE copy the header in FILE to out.bam [inbam]。 指定FILE内的’@’头复制到输出bam文件中并替换输出文件的文件头。

BAM就是SAM的二进制文件，具有更小的存储空间，并且许多下游分析工具使用的是BAM格式。

把FASTQ文件比对到参考基因组之后，我们得到SAM或者BAM。BAM就是SAM的二进制文件。SAM是纯文本文件，十分巨大。

首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置 若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools或bedtools来实现。

生物信息学领域有哪些牛刊?

1、Bioinformatics 算是生物信息学领域质量较高的期刊了。它发表关于计算机算法、程序、软件及其在生物科学领域应用方面的论文。

2、在2022年，可以考虑投稿以下生物信息学相关的期刊：《Epigenomics》。这是一家由英国Future Medicine Ltd出版社出版的半月刊，未列入中科院预警名单，颇具影响力。《Journal of Molecular Neuroscience》。

3、新闻型杂志：这类杂志主要发表关于生物信息学的最新新闻和发展，包括新的研究成果、技术突破和政策变化。例如，《NatureBiotechnologyNews》。

4、它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。生物信息学是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也是21世纪自然科学的核心领域之一。

吴仲义的人物简介

1、吴庆二之子第4世是吴天财，吴安吴安吴天富、吴天富又生有吴福吴仲善、吴仲诚、吴仲铭、吴仲贵、吴仲显、吴仲义、吴仲仁等8个儿子。这8子或数传而衰，或至今犹兴，其子孙繁滋，家声显著，则以仲诚支下为最。

2、由于“文革”期间的高压政治环境，存在于个人身上的黯淡人性发不出民主、独立的光辉，战战兢兢做人，失去了蓬勃强健独立自主的人性意识，是当时的一种普遍状态，如冯骥才《啊！》中谨小慎微的科研人员吴仲义等。

3、作品中塑造了一些前所未有的小人物形象，如《啊！》中的知识分子吴仲义、《月兰》中的农村妇女月兰。然而，做为刚刚摆脱的文革僵死的创作模式的文学先声。

4、以悲剧形式来反映社会主义的文学思潮伤痕文学，但其悲剧精神却具有表层性的弱点。注重对普通人的刻画。表现对人性的探讨，假大空的思想不在占据主体。伤痕文学是对文革的整体否定。

生信类文章可以投哪些期刊?

在2022年，可以考虑投稿以下生物信息学相关的期刊：《Epigenomics》。这是一家由英国Future Medicine Ltd出版社出版的半月刊，未列入中科院预警名单，颇具影响力。《Journal of Molecular Neuroscience》。

第二梯队：Genome Biology， 比较新的杂志，近几年有一些不错的文章。Nature Communication， 非常新的杂志，基本上每期都会有一些生信类的文章。感觉影响因子在不断上涨，顶着Nature的头衔自然不会缺少好文章。

喜欢收录纯生信文章的SCI期刊有：Bioinformatics、BMC-Genomics、BMC-SYSTEMS BIOLOGY、Gene、Journal of Cellular and Molecular Medicine、Computational Biology and Chemistry等等。

大多数人应该不是中科院预警就行，部分期刊可能是吉大一院预警。

为了方便广大科研工作者查询期刊影响因子，针对性地投递文章，我特意搜集了2011年~2016年JCR收录共计11，834种期刊的影响因子，并精选 生信领域 的53个常见期刊进行简要分析。

比对算法总结(二)——基于BWT索引结构的比对算法-Bowite1

1、Bowite 没有完全使用该算法，因为该算法不允许错配，不能比对含有测序错误和变异的reads。

2、CHIP-seq： BowtieBWA用的比较多 RNA-seq： Tophat、Bsmap 甲基化：BS-seeker global---NW local--SW 好处是能够穷举出所有的比对情况，所以可以选择全局最优的结果；最大的缺点是比对的非常慢。

3、目前的比对软件主要在第一步——构建索引数据结构上分为两类： （1）基于哈希表（Hash-table）数据结构的比对算法，一般通过创建参考基因组序列或者短序列数据集的哈希表数据结构实现比对定位。

4、BWA主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。首先通过 BWT (Burrows-Wheeler Transformation， BWT压缩算法 )为大型参考基因组建立索引，然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。